एनआईए ने कोर्ट को बताया कि प्रज्ञा ठाकुर उस पते पर नहीं रह रही हैं, जिस पर पहले वारंट जारी किया गया था। प्रज्ञा ठाकुर फिलहाल उत्तर प्रदेश के मेरठ शहर में स्थित एक अस्पताल में इलाज करा रही हैं। इससे पहले 13 नवंबर को जारी किया गया वारंट भोपाल में उनके घर पर निष्पादित नहीं हो पाया था।
कोर्ट ने मामले की रिपोर्ट देखने के बाद प्रज्ञा ठाकुर को 30 दिसंबर तक पेश होने का आदेश दिया है। 29 सितंबर 2008 को मालेगांव में हुए धमाकों में कई लोगों की मौत हुई थी और सैकड़ों लोग घायल हुए थे। यह मामला एनआईए द्वारा जांचा जा रहा है।